Tienes varias alternativas para lo que quieres hacer, puedes tener un disco duro aparte para tener solo los datos y hacer copias de seguridad todas las semanas.
También puedes sincronizar los archivos en la nube con dropbox (ú otro programa similar).
Otra alternativa es crear una imagen del sistema completo habitualmente. Hay un programa que es de 'pago' que se llama Norton Ghost, muy bueno para esto.
Espero haberte sido de ayuda, saludos.